很多行業在使用純水設備制水時都會對水消毒，不同的行業對水質的要求有不同。通過不同的殺菌方式得到的結果也有所不同。

常見的消毒方式有巴氏消毒、紫外線殺菌、臭氧殺菌、純蒸汽殺菌、過熱水殺菌等。用得較多的就數紫外線殺菌和臭氧殺菌了。紫外線殺菌它能夠減慢水里面的新菌生產速度進而影響生物膜的形成，但是不能降低水中微生物的負荷，所以只能消滅大約90%的微生物。臭氧殺菌主要是通過氧化作用來破壞微生物膜的結構，可以殺死絕大部分的細菌。臭氧不僅能夠殺菌，還能分解水中的污染物，對臭味、脫色、殺菌、去除酚、氰、鐵、錳和降低COD、BOD等都具有顯著的效果。所以，臭氧殺菌也成為成為了一種主流。